১৯৯৬ সালে নির্মাণ শুরু হয়েছিল এবং ১০ বছরেরও বেশি সময় স্থায়ী হয়েছিল, তবে নির্মাণের পরিকল্পনা এবং প্রস্তুতি অনেক বেশি সময় নিয়েছিল। ২০ বছর ধরে, বিশ্বের সেরা স্থপতি এবং ডিজাইনাররা একটি দুর্দান্ত প্রকল্পের পরিকল্পনা করছে এবং নির্মাণ সংস্থাগুলি এই চাকরি পাওয়ার জন্য তাদের যথাসাধ্য চেষ্টা করেছে। প্রধান স্থপতি ছিলেন সিরিয় স্থপতি ইউসুফ আবদেলকি।

২০০৪ সালে, সংযুক্ত আরব আমিরাতের প্রথম রাষ্ট্রপতি ৮৫ বছর বয়সে মারা গেলেন। মহান মসজিদটি এখনও প্রস্তুত ছিল না, তবে শেখকে মন্দিরের অঞ্চলে সমাধিস্থ করা হয়েছিল। দেশটির সেবার জন্য কৃতজ্ঞতা স্বরূপ, ইতিমধ্যে ১৫ বছর ধরে তার কবরে একটি প্রার্থনা অব্যাহতভাবে ২৪ ঘন্টা পড়া হয়েছে। ২০০৭ সালে মসজিদটির নির্মাণ কাজ সম্পন্ন হয়েছিল এবং তুষার-সাদা ল্যান্ডমার্কটি তার মহিমায় প্রকাশিত ছিল এবং এটি জনসাধারণের জন্য উন্মুক্ত ছিল।